主要研究开发内容：（1）利用分子育种技术、计算机技术及常规育种手段和生物防护措施等，在课题组长期研究地方猪种的高繁殖力、优良肉质、抗病性等特色性状分子调控机理的基础上，对瘦肉率、繁殖性能和一般抗病性等性状，持续进行测定和选择。（2）对基础群中个体的固有免疫应答能力先期进行综合评价，并对其生长发育和繁殖力等性能进行持续检测，在分析免疫应答指标及其与生长发育和繁殖力等性能关系的基础上，确定免疫应答和一般抗病力的评价指标，建立猪免疫应答评价体系并确定免疫应答指数，将其纳入常规选种选育体系。（3）以候选基因策略，进行专门化父系和母系的分化选择，并建立若干家系，重点选择瘦肉率、繁殖性状和抗病性状，在体型较大的东串猪中主选生长速度与瘦肉率，培育专门化父系；在高繁殖力的太湖猪（梅山猪和沙乌头猪）中主选繁殖性能与肉品质，培育专门化母系；选育基础群规模达到母猪100头以上、公猪6头以上，以高选择差法选择。（4）运用BLUP模型进行种猪的遗传评估，结合分子标记等信息，进行育种值估计，世代选育，不断稳定遗传性和主要性状的一致性。（5）通过配合力测定结合分子手段，进行配合力测定与分析。在选育过程中，不断地进行东串父系×梅山母系、东串父系×沙乌头母系、东串父系×（东串父系×梅山母系）、东串父系×（东串父系×沙乌头母系）等配合力测定，以便修正选育措施。优化配套组合，以满足国际国内市场对猪肉产品的多元化需求，从而提高我省生猪的市场竞争力。
      成果的特色和创新：（1）以江苏省优良地方品种为基础，基于分子设计育种的思想，培育地方特色土种猪专门化父系和母系，本项目专门化品系的选育是一个动态的过程，把专门化品系的选育放在一个体系内同时进行，为我国地方特色猪种资源的开发和利用提供了一个典型模式，所建立的分子选育技术体系还为其他地方猪品种的选育提供了技术支持和指导。（2）首次建立猪免疫应答评价体系并应用于育种实践，解决了长期以来制约猪抗病育种的一个瓶颈问题；同时本研究从猪抗逆性入手开展抗病育种，提高猪的免疫应答能力，可以更有效地解决地方土猪很多疾病如呼吸道疾病与环境相互作用的问题，从根本上降低诸多疾病的发病率。

本成果利用分子育种技术及常规育种手段，培育高产抗病东串猪专门化父系1个，生长速度提高8.2％，饲料消耗节省12.2Kg/头，瘦肉率50.3％，肌间脂肪5.6％；培育并筛选梅山猪专门化母系1个，母猪群体均在120头以上，7个家系，母系经产产仔16.11头。配套杂交商品猪在传统优良性状基础，生长速度提高7.1％，饲料消耗节省10.9Kg/头，瘦肉量增加1.28 Kg/头，综合每头增收295元，产生了显著的经济、社会和生态效益。